공주침례교회는 미국 보스턴 클라렌튼침례교회와 그 담임인 고든 목사가 파견한 파울링 선교사부부, 스테드맨 선교사부부등에 의해 설립됐다. 1895년부터 차례로 한국에 도착한 이들 일행은 장로교, 감리 교 선교사들이 이미 활동하고있는 서울에서 별다른 성과를 거두지 못하자 이듬해 여름 당시 충남도청소재지였던 공주에 들어왔고 논산-부여등으로 활동지역을 넓혀나갔다.
그러나 공주교회를 비롯한 강경교회, 칠산교회등이 본궤도에 오른것은 [한국침례교의 설립자]인 말콤 펜윅선교사에 의해서였다.1889년 독립선교사로 처음 한국에 왔던 펜윅은 1893년 캐나다로 돌아가 목사가 된후 클라렌튼침례교회와 관련을 맺었으며 1896년 봄 원산으로 들어와 선교활동을 벌이고 있었다. 1901년 파울링선교사부부 등이 본국으로 철수하면서 그동안 개척한 선교기반을 펜윅선교사에게 인계함으로써 펜윅은 한국 전체의 침례교를 책임지게 됐다.
펜윅은 공주교회에 성경학원을 세웠고 약 10년간 활동한 이 학교에서 배출된 30여명의 교회 지도자들은 한국 침례교의 초기에 중요한 역할을 담당했다. 미국과 연결이 끊어진 상태에서 자생적으로 활동범위를 확대해가던 펜윅과 한국인 동료들은 1906년 31개의 교회를 묶어 [대한기독교회]를 조직함으로써 교단으로서 출발을 보게 됐다. 이후 교단 명칭은 [동아기독교회](1921년), [동아기독대](1933년), [동아 기독교](1940년) 등으로 변천을 거듭하다가 광복후 미국 개신교 최대 교단인 남침례교와 다시 연결됨으로써 1949년 침례교라는 명칭을 비로소 사용하게 됐다.
일제시대 침례교는 주로 만주-시베리아-몽골등 북방지역의 해외선교에 힘을 쏟아 상당한 성과를 거두었지만 광복이후 이들지역이 공 산화하는 바람에 어려움을 겪어야 했다. 남한에 있던 지도자들은 공주-강경-칠산교회에서 잇달아 모임을갖고 교단을 재건했으며 이후 미 국 남침례교의 지원을 받음으로써 본격적으로 발전하기 시작했다.
원래 공주 반죽동에 자리잡았던 공주침례교회는 1940년 일제의 탄압으로 폐쇄됐다가 1945년 광복과 함께 재건됐다. 이어 6·25전쟁 중인 1951년 산성동에 새 교회당을 마련하고 이전했다가 1987년 새 성전을 신축해 오늘에 이르고 있다.