개신교 최대 교단인 예장 통합은 9월12∼17일 서울 소망교회에서 정기총회를 갖는다. 주요 의제로는 내부 갈등을 겪고 있는 전북노회의 처리 방향, 기독교 CATV의 예장 통합측 몫인 부사장 직제 폐지에 대한 대응 등이 있다. 예장 합동은 9월17∼20일 청주 중앙교회에서 총회를 연다. 현안으로는 총회와 노회 사이에 지역대회를 신설하는 문제와 21세기발전개혁안 마련, 미주대회 분열문제등.
예장 대신은 9월9∼12일 사랑제일교회에서 총회를 열며 예장 고신은 9월16∼20일 부산남교회에서 총회를 갖는다. 예장개혁은 9월16∼20 일 광주 월산교회에서 총회를 열고 교단 분열의 수습과 개혁신학교의 정상화 방안등을 논의하게 된다.기독교장로회의 총회는 9월9∼12일 광 주 양림교회에서 열리며 한신대에 대해 총회의 권한을 강화하는 방향으로 정관을 개정하는 문제를 다루게 된다.
기독교대한감리회는 10월29∼31일 서울 광림교회에서 총회를 갖고 교단장인 감독회장을 비롯해서 각 연회의 감독등 2년임기의 새 임원들 을 뽑는다. 이번 총회에서는 또 지난해 개정된 교단헌법인 장정의 내용과 절차상 문제가 논란을 일으킬 것으로 보인다.
기독교대한성결교회는 9월16∼19일 서울 신촌성결교회에서 총회를 갖고 개신교계에서 관심의 초점이 되고 있는 KNCC 가입문제와 교단 장 기발전계획등을 다룬다. 기독교한국침례회는 9월16∼19일 대전 침신대에서 총회를 갖고 교단빌딩 건축문제, 헌법및 직제 개정문제등을 토의 한다.