2절 양문 곁에 느헤미야가 성전을 재건할 때 이 양문에서부터 시작되었다(느3:1, 느3:32, 느12:39). 예루살렘 성문에는 세 가지 동물 이름이 있었는데 양문, 어문(느3:3, 느12:39, 습1:10), 말문(렘31:40)이 있었다.

2-3절 행각 다섯이 있고 그 안에 많은 병자들이 있었다. 이러한 공개적인 장소에서 수많은 사람들이 있는 가운데

5-7절 삼십 팔년 된 병자가 있더라 많은 병자들 가운데 제일 심한 사람이었을 것이다. 알레고리적 해석을 좋아하는 사람들에게는 38년의 의미를 신2:14의 이스라엘의 광야에서 방랑했던 숫자와 연결한다든가 또 다른 지나친 해석으로 연결을 시도한다. 하지만 이곳에서 요한은 그가 불치의 병으로 그가 얼마나 오랜 세월 고생하였는가를 말하며 지금까지 고치지 못한 것을 알리기 위함이었다.
이 사람은 다른 사람의 도움을 받아야 못에 들어갈 수 있었는데 그곳까지 넣어줄 사람이 없었다. 이런 그가 어떻게 이곳까지 왔는지는 모르나 넣어줄 사람도 없다는 것은 전혀 도움을 받을 만한 사람이 주위에 없다는 것이다.
그 누운 것을 보시고 병이 벌써 오랜줄 아시고 이 표현은 예수께서는 그를 주시하고 있었음을 말한다. 그를 향해서 예수께서는 네가 낫고자 하느냐고 물으신다. 예수께서는 그의 의지와 관계없이 병을 고치실 수 있지만 기적은 먼저 본인의 믿음으로부터 시작하여 그것은 단순히 육체적인 병 고침뿐만 아니라 믿음을 요구하시는 주님의 질문이었다. 이 병자는 예수를 Kuvrie(퀴리) "주여"라고 부름으로 그가 메시야로 예수그리스도를 이해한 것은 아닐지라도 자신의 주인과 같이 친근하게 부르며 자신의 딱한 처지를 설명했을 때 그 말이 채 마치기도 전에 8절 일어나 네 자리를 들고 걸어가라고 명령하셨다.

11절 나를 낫게 한 그가 ejkei'nov"(에케이노스) "저 사람"은 강조적 지시사로 좋은 의미로는 예수의 말씀에 순종했기 때문에 병을 나았지만 지금은 그 경우보다는 자신이 곤란에 처하자 자신을 정당화시키며 예수께 그 책임을 전가하고 있다. 랍비의 법에 따르면 안식일에 고의로 공적인 장소에서 개인의 집으로 물건을 옮기는 자는 돌아 맞아 죽던지, 참수형을 당하게 되어 있다.

13절 그가 누구신지알지 못하니 oujk(우카) "아니다, 모른다"인데 여기서는 좀더 강한 [결코 모른다]로 볼 수 있다. 자신의 불치의 병을 고쳐주었지만 은인에 대해서 아무것도 아는바가 없었다. 그는 예수와 만나서 자신의 병을 낮기만을 위해서 한두 마디의 대화를 나누었을 뿐 아무것도 예수에 대해서 아는바가 없었다. 그가 더 모를 수밖에 없었던 이유는 이미 피하셨기 때문이다. ejkneuvw(에크뉴오) "피하다, 조용히 물러가다"의 뜻으로 유대인과의 쓸데없는 마찰을 피하시기 위해서 그 자리를 떠나셨다.

14절 더 심한 것과 죄를 범치 말라는 두 부분을 연결하여 보아야 하는데 이 병자가 "더 심한 것" cei'rovn(케이론) "악한, 나쁜"의 뜻을 가진 용어로 단순히 병만을 의미하지는 않는다. 병과 더불어 '더 나쁜 것'도 있다는 것을 말하신다. 성경의 다른 곳에서는 예수께서 병이 그 사람의 죄로 인해서 생기게 되었다는 흔적은 없다. 그럼에도 불구하고 그에게 "죄를 범치 말라"고 말씀하시는 데는 그의 병은 죄로 인해 있게되었다는 것에 대해서 부인하기 어렵다. 인간의 죄가 분명히 이 사람의 병과는 어떤 관계가 있었음을 말한다. 물론 예수님의 말씀은 병 고침뿐만이 아니라 죄를 범치 않는 것에 대해서 병 고침 이상으로 중요하다는 것을 말씀하신 것으로도 볼 수 있다.

15절 그 사람이 유대인들에게 가서 자기를 고친 이는 예수라 하니라고 말한 것은 선뜻 납득이 되지 않는다. (학자들에 따라서는 이 사람이 유대인들의 지시로 나중에 고발했다는 보는 견해와 그가 예수를 만나고 그 기쁨과 증거를 나타내기 위해서 바로 예수를 증거 했다고 보는 견해가 있다.) 그러나 모두 지나치게 해석한 느낌이 있고 아마도 이 사람은 그렇게 깊은 생각까지는 못한 것 같다. 그러나 이 사람이 유대인들에게 가서라는 부분은 분명히 의도적으로 알리러 간 사실은 확실하다.

17절 내 아버지께서 이제까지 일하시니 나도 일한다 창세기 2:2-3절 천지와 만물을 창조하신 하나님께서는 안식하셨다. "안식"은 히브리어로 tb'v;(샤바트)인데 칠십인역(LXX)에서는 이 말을 멈추다(stop)에 해당하는 pauw(파우오)가 아니라 쉬다(rest)의 katevpausen(카타파우센)를 사용했다. 안식일을 바로 지키는 것은 선행을 멈추는 것이 아니라 죄악을 그치는 것이 하나님의 원하시는 것이다.

18절 하나님을 자기의 친 아버지라 유대인들은 하나님을 아버지라고 표현할 때 시문학적인 표현으로 아니면 왕과 신하, 주인과 종의 관계에서 부른 것이지 아버지와 아들 관계에서 친 아버지의 개념에서 부른 것은 아니다. 그런데 예수께서는 하나님을 친 아버지라고 부르심(사64:8)으로 이들이 보기에는 신성 모독 죄로 생각했다. 뿐만 아니라 그 말은 곧 자기를 하나님과 동등으로 삼으심이러라하는 생각이 있는 것으로 보았다. 그러나 예수께서는 "그는 근본 하나님의 본체시나 하나님과 동등됨을 취할 것으로 여기지 아니하시고 오히려 자기를 비어 종의 형체를 가져 사람들과 같이 되었고"(빌2:6-7)를 모르고 하는 소리이다.

19절 아버지의 하시는 일을 보지 않고는 eja;n mhv(에안 메) "만일 ...을 하지 않으면"인데 정확히 번역하자면 "보지 않고는"은 [보지 않는 한]이 더 적합하다.
20-23절 아버지는 아들에게 세상에 관한 모든 주권을 위임해 주셨다. 뿐만 아니라 그보다 더 큰 일을 보이겠다고 하셨다. "일"에 해당하는 e[rga(에르가)는 "행위(work), 수고"를 말하는데(눅1:49, 막3:8) 요한은 이 용어를 그리스도께서 행하시는 모든 일에 포괄적으로 사용하고 있다.

32절 나를 위하여 증거하시는 이가 따로 있으니는 하나님 위에는 달리 설명할 길이 없다. 그러나 본 절에서 구체적으로 말씀하지 않으셨다고 하여 '세례요한'(33절)이나 '성경'(39절)이라고 생각하기도 한다.
33절 요한에게 사람을 보내매 유대인들이 요한에게 산헤드린 사람을 보낸 일(요1:19)을 지적하신다. 그 때 요한이 말한 것은 진리이고 메시야를 증거한 것이다(요1:6-7).

34절 나는 사람에게서 증거를 취하지 아니하노라 요한의 말이 진리하고 해도 그것은 예수그리스도께 필요한 것이 아니며 사람들에게 필요했던 것이다. 이 부분은 철학적인 접근이 필요하다. 사람들은 서로에게 어떤 증거가 필요하다. 그래야만 참과 거짓을 구분할 수 있으며 믿음의 근거를 찾을 수 있기 때문이다. 하지만 예수님께는 사람의 증거는 필요가 없는 것이다. 다만 하나님에 의해서 39절 성경이 곧 내게 대하여 증거 하는 것이로다
35절 요한은 켜서 비취는 등불이라고 말하심으로 세례요한의 한 때의 역할을 인정하신 것이다. 하지만 그 빛은 영구적인 것이 아니었다. 등불은 더 밝은 빛이 오면, 빛 자체가 오면 잠시 비취던 등불로 마감하는 것이다.

37절 친히 나를 위하여 증거 하셨느니라 막1:11에 세례를 받으실 때, 막9:7 변화 산에서의 사건을 말씀하시는 것이다. 하나님의 음성과 빛이 증거로 주어졌음에도 불구하고 사람들은 눈이 어두워, 마음이 악하여 너희는 아무 때에도 그 음성을 듣지 못하였고 그 형용을 보지 못하였으며 이런 이유에 대해서 38절 그 말씀이 너희 속에 거하지 아니하니 이는 그의 보내신 자를 믿지 아니함이니라

40절 영생을 얻기 위하여 내게 오기를 원하지 아니하는도다 영생은 예수그리스도께만 있는데 그래도 나아오지 아니함을 말하신다(요3:19-20).
42절 하나님을 사랑하는 것이 th;n ajgavphn tou' qeou'(텐 아가펜 투 데우) 이 말은 하나님을 사랑하는 어떤 동작이나 행위에 있는 것을 말하는 것은 아니다. 원문상 다시 번역한다면 [하나님의 사랑]만을 이야기한 것이다. 너희 속에 없음을 알았노라 이들은 안식일과 같은 율법에만 관심이 있었지 하나님의 사랑은 없었다(요일4:12). 그렇다면 이들은 하나님을 말하지만 실제로는 하나님으로부터 떠나있는 것이다.

46절 모세를 믿었더면 또 나를 믿었으리니 예수께서는 얼마나 유대인들이 율법자체도 제대로 알지 못하고 있는지를 지적하신 것이다. 뿐만 아니라 지독하게도 예수를 믿지 않는 것에 대한 지적과 책망을 함께 하시는 것이다. 대부분의 유대인들은 현재까지도 예수를 영접하지 않고(약 1% 정도만이 크리스천이다) 고집을 부리고 있다.

47절 그의 글 gravmma(그람마) "기록된 문자"(롬2:27, 고후3:6)도 믿지 않는데 어찌 내 말을 rJh'ma(레마) "살아있는 말씀"을 믿겠느냐 하시니라 이 말은 모세의 율법보다 예수의 말씀이 더 믿기 어렵다는 뜻이 아니라 자칭, 율법을 연구하고 그것을 지키기 좋아하는 유대인을 향한 질책의 말씀이다.