2절 밤에 예수께 와서 니고데모가 밤에 찾아온 이유에 대해서는 다른 사람의 눈을 피해서, 분주한 낮 시간을 피해 조용한 시간에 예수와 대화를 나누기 위해서, 밤늦게 까지 토론하는 바리새인들의 관례에 따라 등으로 볼 수 있으나 정확히 단정하기는 어렵다. 요19:39에 또 한번 밤에 왔다고 진술함으로 그가 얼마나 신중한 사람이었나를 보여주고 있다. 랍비여 그가 예수께 존경의 뜻으로 부르고 있음을 알 수 있다. 정식으로 랍비가 되기 위해서는 수년에 걸쳐 연구과정을 마치고 율법학자단에 가입하여 활동을 하며 40세가 받을 있는 직분이었다. 그러나 예수는 이러한 과정을 거치지 않았는데 불구하고 이것을 잘 아는 니고데모가 예수를 이와 같이 부른 것은 우리가 당신은 하나님께로서 오신 선생인줄 아나이다의 고백에서 알 수 있다.
당신의 행하시는 이 표적을 보고 니고데모는 예수를 알게되었음을 고백한다. 지금은 예수님의 초기 사역이기 때문에 많은 표적을 아직까지는 행하신 적이 없다. 니고데모는 요2:1-12의 가나의 혼인잔치에서 물로 포도주를 만드신 사건을 알고 말하는 것 같다. 이런 아무라도 할 수 없음이니이다고 표적에 대해서 많은 관심을 나타낸다. 그런 반면에 예수께서는 3절 사람이 거듭나지 아니하면 하나님 나라를 볼수 없느니라고 그의 영혼의 거듭남에 관심을 가지고 계시다. a[nwqen(아노덴) "위로부터, 처음부터, 새로, 다시"의 뜻으로 완전하고도 철저하게 변화됨을 의미한다. 그러나 니고데모는 사람이 늙으면 어떻게 날 수 있삽나이까라고 질문함으로 영적 사람의 거듭남의 의미를 잘 모르고 있었다. 그러나 니고데모는 예수님의 대답에 대항하는 질문을 한 것은 아니다. 다만 자신이 언 듯 이해하지 못했기 때문에 다시 질문하고 있는 것이다.

예수께서는 다시 5절 사람이 물과 성령으로 나지 아니하면 하나님 나라에 들어갈 수 없느니라고 하셨다. "물과 성령"에 대해서 성령은 이해하는 별 어려움이 없으나 "물"에 대해서는 세례요한의 세례, 교회가 베풀게 되는 세례 등으로 말하나 본문의 강조 점은 "성령"에 있는 것이기 때문에(마3:11, 막1:8, 눅3:16) "침례"에 너무 집착할 필요는 없다. 성령을 영적 내면의 변화로 이해한다면 물은 외적의식 깨끗함(사람과의 사이에서 용서 등)을 말하는 것이다.

8절 바람이 임의로 불매 ... 성령으로 난 사람은 다 이러하니라 a[nwqen(프뉴마)는 "바람, 영, 성령"으로 사용되고 있기 때문에 번역상 영은 바람과 같은 존재로 표현되는 것은 원어의 뜻 자체가 그러하기 때문이다.

9-10절 니고데모는 예수께서 하시는 말씀을 전혀 이해하고 있지 못했다. 예수님의 답답한 마음은 12절 내가 땅의 일을 말하여도 너희가 믿지 아니하거든 하물며 하늘 일을 말하면 어떻게 믿겠느냐고 하시면서 계속해서 말씀하신다. 이러한 실수는 학구적인 연구로만 이해하려고 하는 사람들이 범하기 쉬운 일이다. 예수께서는 믿음의 눈을 뜨기를 원하고 게시지만 디고데모는 계속해서 그의 머리로 이 말씀들을 이해하려고 하고 있기 때문에 그는 깨닫지 못하는 것이다.

13절 하늘에서 내려온 자는 메시야를 말한다. 인자 외에는 하늘에 올라간 자가 없느니라 그의 부활 승천을 예언하는 말이다. 구약에서 에녹(창5:24)과 엘리야(왕하2:9-11)가 나타나지만 원래 하늘에서 온 자들은 아니었다. 또한 그들은 자신들은 승천했지만 예수의 부활과 승천은 예수께 국한된 사건이 아니라 동시에 우리의 죄를 사함으로 우리도 그와 같이 부활 승천한다는 예표가 된 것이다. 그러나 이렇게 되기 위해서는 14절 모세가 광야에서 뱀을 든것 같이 인자도 들려야 하리니라고 하셨다. 이스라엘 백성들이 광야에서 하나님께 불평을 할 때 뱀에 물려 죽게 되었을 때 모세가 장대 위에 매달아 놓은 놋뱀을 쳐다본 사람들은 살수 있는 사건이 있었다(민21:4-9). 이 사건과 같이 십자가에 달린 예수를 믿는 사람에게는 구원의 길이 열린다는 것을 말하는 것이다.

16절 하나님이 세상을 이처럼 사랑하사 독생자를 주셨으니 이는 저를 믿는 자마다 멸망치 않고 영생을 얻게 하려 하심이니라 (Ou{tw" ga;r hjgavphsen oJ qeo;" to;n kovsmon, w{ste to;n uiJo;n to;n monogenh' e[dwken, i{na pa'" oJ pisteuvwn eij" aujto;n mh; ajpovlhtai ajll! e[ch/ zwh;n aijwvnion.) 이 구절은 신구약성경 전체에서 제일 핵심이 되는 절이다.
kovsmon(코스몬)의 어근 kovsmo"(코스모스)는 "세상, 정돈, 장식"의 뜻으로 유대인과 이방인 모두를 가리킨 온 세상 사람들을 의미한다.
Ou{tw"(후토스)는 "이처럼"인데 좀더 정확히 말하자면 [이러한 방법으로]이다. 독생자를 내어주시는 방법, 하나님의 뜻을 말한다.
hjgavphsen의 어근 ajgaph(아가페) "하나님의 사랑"으로 uiJo;n(휘온) "아들" monogenh'(모노게네) "유일하게 태어나신, 독생자"를 주셨다. 그런데 어떤 사본(스테판)에는 aujtou'(하우투) 대명사로 "자신"이라고 기록되어있다. 이 아들은 곧 하나님 자신이셨던 것이다.
pisteuvwn(피스튜온) "믿음, 맡기다, 위탁하다" 이러한 사람에게 zwh;n(조엔) "생명" aijwvnion(아이오니온) "영원한"을 주셨다.

17-18절 예수께서 이 땅에 오신 것은 심판에 목적이 있는 것이 아니라 구원에 목적이 있으시지만 독생자의 이름을 믿지 아니하므로 벌써 심판을 받은 것이니라고 하셨다.
17절의 i{na(히나)의 접속사가 있는데 "- 이 아니라면"으로 영어의 not..., but... 영어와 비슷하다. 이 말씀은 16절의 말씀과 대조를 이루고 있는 심판으로 연결된다.
19-21절 fw'"(포스) "빛"(별빛이나 달빛이 아닌 태양 빛을 뜻함)과 skovto"(스코토스)"어두움"(불투명, 그늘), 죄와 선을 비교하며 하나님을 피하는 사람과(아담이 하나님의 낮을 피했던 것처럼 창3:8) 하나님께 나아가(진리를 쫓는)는 사람을 비교한다.

25절 요한의 제자중에서 한 유대인으로 더불어 결례에 대하여 변론이 되었더니 세례요한의 제자들이 예수께 간 제자가 있고 그들도 세례를 베푸는 과정에서 세례요한의 세례에 대해서 그것이 완벽한 것인지에 대한 변론이 일어났다. kaqarismou'(카다리스모스)는 세례와 같은 동의어로 사용되었다.
이렇게 출발된 세례요한의 예수에 대한 증거는 확실하고도 분명한 증거로 이어졌다.
24절의 요한이 아직 옥에 갇히지 아니하였더라는 저자 요한의 추가 설명이 있는 것으로 보아 사도요한이 세례요한의 제자였다고 볼 때 그는 의도적으로 먼저 선생이 되었던 세례요한에 대해서 다른 복음서 기자들과 같이 의심스러운 질문을 던지기 전(마11:1-19, 눅7:18-23)에 세례요한의 분명한 예수께 대한 증거를 기록함으로써 그에 대한 존경의 표시를 다한 것으로 보인다.
27절 하늘에서 주신 바 아니면 사람이 아무 것도 받을 수 없느니라
28절 나는 그리스도가 아니요 그의 앞에 보내심을 받은 자
29절 ...신랑의 음성을 듣는 친구가 크게 기뻐하나니 나는 이러한 기쁨이 충만하였노라
30절 그는 흥하여야 하겠고 나는 쇠하여야 하리라
31절 위로부터 오시는 이는 만물 위에 계시고
32절 그가 그 보고 들은 것을 증거하되
34절 하나님의 보내신 이는 하나님의 말씀을 하나니
34절 하나님이 성령을 한량없이 주심이니라
35절 아버지께서 아들을 사랑하사 만물을 다 그 손에 주셨으니

요한의 예수께 대한 증거는 "예수께서는 하늘로부터 오시고 그에 대한 증거를 하시며 하나님의 사랑하는 분으로 하나님의 말씀을 하고 성령을 한량없이 주시며, 자신은 그리스도가 아니고 신부가 신랑의 음성을 듣고 기뻐하는 자처럼 자신은 그리스도의 음성을 듣고 기뻐하며 그는 흥하고 자신은 쇠하여야 한다"고 증언했다.
그는 이 증언을 끝으로 '주의 길을 평탄케 하는 자'로서의 생애를 마치게 된다(막1:14, 눅3:18-20).